Durante la dominación árabe Valeria, Balira fue un hisn integrado en la kora de Santavariya, poblada por bereberes de los Hawwara y Madyuna, pero ya había perdido importancia en beneficio de la cercana Qunka.

De esta época contamos con un tesorillo califal del siglo X y algunos candiles.

La conquista de Balira por Alfonso VIII debió ser por las mismas fechas que la de Cuenca, 1177, y en seguida pasó a fomar parte de su alfoz y, en consonancia con su importante situación junto a una vía de comunicación, estableció en ella el pago del portazgo. Los restos de una muralla en el yacimiento arqueológico, la ermita de Sta. Catalina, o la iglesia parroquial, son el testimonio material de la Valeria medieval.

En esta época también desapareció el obispado valeriense, cuando  Alfonso VIII, una vez conquistada  la ciudad de Cuenca, sintió la necesidad de dotarla de una sede episcopal, lo que propuso  al Papa Lucio III, quien le concedió los territorios pertenecientes a las diócesis visigodas de Ercávica y Valeria en una bula emitida en Velletri el 1 de julio de 1182.

Más tarde, en el año 1410, Diego de Anaya, Obispo de Cuenca, en reconocimiento a la desaparecida diócesis de Valeria, instituyó con el cabildo catedralicio la Abadía de la Sey, siendo el primer abad Velasco de Oleado, canónigo de Salamanca.